Rachel, la madre di Rebecca, si è risvegliata dal suo sonno e ha annunciato un terribile futuro: "A breve la vita di Mother si esaurirà e l'umanità si estinguerà in tutto l'universo". Per evitare la tragedia, l'equipaggio dell'Edens Zero decide di partire per l'ultimo universo, lo "Universe 0", da cui non è possibile fare ritorno. Il palcoscenico si sposta così là dove tutto è iniziato, sul pianeta Granbell...